Ο Ναός του Αγίου Αιμιλιανού, Λόφου Σκουζέ, αναγνωρίστηκε δια νόμου το έτος 1935 ως ενοριακός της Αρχιεπισκοπής Αθηνών. Προηγουμένως ήταν παρεκκλήσι του παρακείμενου Ενοριακού Ναού του Οσίου Μελετίου Σεπολίων. Η προαγωγή του παρεκκλησίου σε ενοριακό Ναό, έγινε διότι αυξήθηκαν οι οικοδομές γύρω του Λόφου.
Ο παλιός μικρός πρώτος Ναός, γνωστός ως "παράγκα", ήταν πρόχειρο κατασκεύασμα (από ξύλο ελιάς και πεύκου) και βρισκόταν στο χώρο του σημερινού κήπου, κατά μήκος της βόρειας πλευράς. Αργότερα υπέστη επέκταση κατά μήκος με πλίνθους. Ο απλός αυτός Ναός χρησίμευσε για τις λειτουργικές ανάγκες των ενοριτών, μέχρι το έτος 1947.
Σήμερα, ο μοναδικός υπάρχον Ναός είναι στην ουσία ο δεύτερος Ναός. Είναι τρισυπόστατος (Άγιος Αιμιλιανός, Αγία Αικατερίνη, Αγία Τριάς), σταυρεπίστεγος με τρούλο. Οι δύο μεγάλοι τοίχοι -βόρειος και νότιος- είναι παράλληλοι, και με τους δύο άλλους -ανατολικό και δυτικό- σχηματίζουν σχήμα ορθογώνιου παραλληλεπιπέδου.
Ο Ιερός Ναός Αγίου Αιμιλιανού θεμελιώθηκε στις 3 Μαϊου του 1953. Για την ανέγερσή του πρέπει να θεωρηθεί σπουδαίος οικονομικός παράγοντας ο Σύλλογος Κυριών και Δεσποινίδων "ΑΓΙΑ ΤΡΙΑΣ" του οποίου ιδρυτής υπήρξε ο Πρωθιερέας Εμμανουήλ Σαρρής (ειδική πλάκα είναι αναρτημένη στο μπροστινό μέρος του Ναού). Αλλά κυρίως το "θαύμα" τους έκαναν η δραχμή και οι δωρεές των ευσεβών και ανώνυμων Χριστιανών.
Τα εγκαίνια του Ιερού Ναού του Αγίου Αιμιλιανού τελέστηκαν στις 23 Μαϊου του 1976 (Κυριακή της Σαμαρείτιδας) και λειτούργησε ο Επίσκοπος Δέρβης Κοσμάς συλλειτουργούντων των ιερέων Αναστασίου Παπασωτηρίου (πρωθιερέας), Γεωργίου Σπανού, Νικολάου Κονδύλη, Γεωργίου Χριστοπούλου, Αναργύρου Αργυρού και Διακόνου Ισιδώρου Κουντούρη. Πλήθος κόσμου παρακολούθησε την ακολουθία των εγκαινίων. Σεμνή, συγκινητική, ιερή, ιστορική. Οι μεν ζώντες γεύτηκαν τους καρπούς των κόπων τους, οι δε ψυχές των τεθνεώτων αγαλλίασαν.
Ύστερα από 23 χρόνια το όνειρο έγινε πραγματικότητα. Αυτό το διάστημα δε μπορεί να θεωρηθεί μεγάλο, αν ληφθεί υπ'όψη το γεγονός πως μοναδικός οικονομικός πόρος της οικοδομήσεως, υπήρξαν οι εισφορές των απλών πιστών.